Theo Ban Hội tự chùa Bà Bài, ngôi cổ tự này còn có tên gọi là Bồng Lai tự do ông Đạo Lập (Phạm Thái Chung) về dựng lên vào năm 1861. Ông Đạo Lập là một trong 12 đại đồ đệ của Phật thầy Tây An, cùng thời với Quản cơ Trần Văn Thành. Sau khi thọ pháp với Phật thầy, Đạo Lập về làng Vĩnh Tế xưa dựng chùa để “độ bệnh” cho người dân và truyền bá tư tưởng yêu nước.
Vì theo giáo phái Bửu Sơn Kỳ Hương nên chùa Bà Bài thời kỳ đầu chỉ thờ trần điều, không có tượng Phật. Về sau, có một sư cô đến xin ở tu hành và được người dân chấp thuận. Vị sư cô đã thỉnh tượng Phật nơi khác về thờ cúng. Do đó, điểm đặc biệt của chùa Bà Bài chính là sự hòa hợp của giáo phái Bửu Sơn Kỳ Hương và Phật giáo.
Cùng với chùa Bà Bài, người dân còn dựng lên Dinh Quan Thẻ để phụng thờ các vị anh hùng gắn liền với giáo phái Bửu Sơn Kỳ Hương. Đặc biệt, nơi đây còn lưu dấu cột phướng chùa Bà Bài thời kỳ đầu xây dựng, cùng với cây thẻ do Quản cơ Trần Văn Thành đến cắm ven bờ kênh Vĩnh Tế, theo lời dạy của Phật Thầy Tây An.
Về di tích “ông thẻ”, đây là những trụ bằng gỗ lào táo, được Phật thầy Tây An giao cho Quản cơ Trần Văn Thành đi cắm ở 4 nơi thuộc 4 địa phương khác nhau là: Vĩnh Tế (TP. Châu Đốc), thị trấn Vĩnh Thạnh Trung (huyện Châu Phú), xã Vĩnh Hanh (huyện Châu Thành) và xã Vĩnh Điều (huyện Tri Tôn). Đến nay, các “ông thẻ” này vẫn còn tồn tại và được tín đồ Bửu Sơn Kỳ Hương thờ cúng như một huyền thoại liên quan đến vị Phật Thầy đã khai sinh giáo phái.
Hiện nay, chùa Bà Bài vẫn được người dân, du khách tới lui cúng viếng thường xuyên. Với tinh thần đại đồng của giáo phái Bửu Sơn Kỳ Hương, những người trông coi ngôi cổ tự này rất nhiệt tình, niềm nở tiếp đón khách phương xa dù là người chưa quen biết.
Thời điểm chúng tôi đến, người ta đang cất cây cầu mới song song với cầu cũ dẫn vào chùa Bà Bài. Với niềm tin của người dân, chùa Bà Bài ngày càng thu hút sự quan tâm của du khách gần xa. Hàng năm, có rất đông tín đồ Bửu Sơn Kỳ Hương và người dân đến tổ chức Lễ vía ông Đạo Lập khá long trọng tại chùa Bà Bài, vào ngày 30/9 (âm lịch).
Dù khuôn viên không quá lớn, nhưng do nằm biệt lập bên bờ kênh Vĩnh Tế nên không gian chùa Bà Bài khá tĩnh lặng. Du khách đến đây ngoài việc được tìm hiểu những câu chuyện lịch sử, huyền thoại đặc sắc còn có thể tìm thấy sự bình tâm sau những mệt mỏi của cuộc sống.
Trong quá trình tồn tại, chùa Bà Bài từng là nơi liên lạc, hoạt động của các chiến sĩ cách mạng nên bị giặc Pháp, Mỹ bố ráp thường xuyên. Do bom đạn chiến tranh, chùa bị tàn phá nhiều lần và được trùng tu lại như hôm nay. Với những đóng góp cho cách mạng, chùa Bà Bài được UBND tỉnh công nhận là Di tích lịch sử cách mạng năm 2007.
Đến nay, chùa Bà Bài vẫn tồn tại bên bờ kênh Vĩnh Tế, là nét chấm phá đặc sắc vào những câu chuyện linh thiêng, nhuốm màu huyền thoại về dòng kênh lịch sử này. Từ đó, nhắc nhở cháu con về công lao của các bậc tiền nhân về thời mở đất nơi vùng biên giới An Giang.
THANH TIẾN