Theo cuốn Dược liệu của dược sĩ Nguyễn Huy Công, cây hoa sen có nhiều bộ phận dùng làm thuốc:
Liên thạch (quả): Gương sen thật già thu hoạch vào tháng 7-9, tách lấy quả có vỏ tím đen, đem phơi nắng cho thật khô, ta được liên thạch. Theo Đông y, liên thạch có vị đắng, tính hơi lạnh; tác dụng thanh tâm (làm nhẹ tim); dùng chữa lỵ, cấm khẩu.
Khi bóc vỏ và mầm của liên thạch, ta có liên nhục (hạt sen). Thành phần hóa học chính của liên nhục là tinh bột, đường, chất béo, một ít canxi, phốt pho, sắt. Liên nhục có vị ngọt, chát, tính bình; tác dụng bổ tỳ, dưỡng tâm, thận, tăng sinh lực, săn ruột; dùng chữa tỳ hư, tiêu chảy, thần kinh suy nhược. Lưu ý người hay bị táo bón không được dùng liên nhục.
Liên tâm (tâm sen): Được lấy ra khi chế biến liên nhục, chọn lấy mầm chồi, phơi khô. Thành phần hóa học của liên tâm có alcaloid. Liên tâm vị đắng, tính lạnh; có tác dụng thanh tâm, thanh nhiệt, an thần; dùng chữa các bệnh tâm phiền (tức ngực, đau nhói ở tim), nôn ra máu, mất ngủ.
Liên phòng (gương sen): Được lấy sau khi tách hạt, cắt bỏ cuống, phơi khô. Thành phần hóa học có tinh bột, protein, vitamin C, tanin. Liên phòng có tác dụng tiêu ứ, cầm máu; dùng chữa các bệnh cho phụ nữ đau bụng do ứ huyết, băng huyết, tiểu tiện ra máu.
Liên diệp (lá sen): Thu hái vào tháng 5-9 sau khi hoa nở, phơi khô, bỏ cuống, gấp đôi và xếp thành tập. Thành phần có alcaloid, tanin. Liên diệp dùng chữa tiêu chảy, phù thủng, nôn ra máu và các trường hợp ra máu khác.
Liên ngẫu (ngó sen): Vào mùa thu - đông (tháng 8-12), đào lấy ngó, rửa sạch, phơi khô. Liên ngẫu dùng chữa các bệnh chảy máu như nôn ra máu.
Liên hoa (hoa sen): Vào tháng 5-7, lấy nụ chưa nở, phơi khô. Thành phần hóa học có tanin, chất nhầy. Liên hoa có tác dụng trừ thấp, cầm máu; dùng chữa nôn ra màu, mụn nhọt, lở loét.
Liên tu (tua nhị): Vào tháng 5-7, lấy tua nhị vào bao phấn của hoa sắp nở, phơi khô trong bóng mát. Liên tu có tác dụng thanh tâm, cố thận; dùng chữa các chứng bệnh chảy máu, khí hư, tiểu tiện nhiều lần.
Đa số các bài thuốc liên quan tới hoa sen sử dụng dạng sắc, bột hoặc viên.