Hội đồng thực hiện các nhiệm vụ theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh và Nghị định số 96/2023/NÐ-CP ngày 30/12/2023 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Khám bệnh, chữa bệnh; thực hiện nhiệm vụ khác theo phân công của Thủ tướng Chính phủ.
Chủ tịch Hội đồng Y khoa quốc gia là lãnh đạo Bộ Y tế kiêm nhiệm; các Phó Chủ tịch gồm: 1 Phó Chủ tịch thường trực hoạt động chuyên trách, 1 Phó Chủ tịch là Cục trưởng Quản lý Khám, chữa bệnh (kiêm nhiệm) và 1 Phó Chủ tịch là Cục trưởng Khoa học công nghệ và Ðào tạo (kiêm nhiệm).